Окрім того, мапи думок імітують роботу безлічі синапсів та нейронних зв’язків мозку. Останні наукові відкриття дедалі частіше підтверджують, що мапа думок є природним віддзеркаленням процесів мислення у людському мозку, і що усі ми насправді думаємо внутрішніми мапами думок!
Зв’язок між мапами думок і запам’ятовуванням уже науково доведений. Висновки дослідження Г. Тоя, представлені 2009 року під час міжнародної конференції з питань мислення у Куала-Лумпурі, показали, що створення мап думок допомагає дітям пригадувати слова більше, ніж складання списків, покращуючи запам’ятовування на 32 відсотки. Дослідження, яке провели Пол Фарранд, Фірзана Гуссейн та Інід Геннессі 2002 року, продемонструвало, що мапи думок на 10 відсотків поліпшили в учасників експерименту довготермінове запам’ятовування фактичної інформації.